清华大学EMBA项目是清华大学经济管理学院面向在职高级管理人员推出的专业学位教育项目，毕业后获得硕士学位。而EMBA总裁班是参照EMBA项目课程设置，结合企业实际,保留了全部实战性的课程,去除了一些理论性课程，主要就是为了学员可以在以后的工作中学习的内容更加能够得到发挥,学员在学习的时候学习内容更具有实战性,对于以后的工作有帮助。
所以两者最大的区别清华大学EMBA项目是学位教育项目，而EMBA总裁班仅仅是经理人能力提升的培训项目。
两者都是在职学习，EMBA学位项目一般学习不少于18个月，每月集中四天学习，而EMBA总裁班每月学习2-3天，学制一年到两年。
两者的报名录取流程不一样，EMBA学位项目，作为学位教育项目，就要求参加每年的研究生统一考试，还要经过学院面试，要求非常严格，而EMBA总裁班目的是提升个人管理能力，只要求学员从事管理工作或者未来有从事管理工作的需要的人就可以参加。
二者的学习费用不一样，清华大学EMBA学位班学费是56万，高昂的学费加上严苛的录取门槛，EMBA学位班的学员基本是精英中的精英了。EMBA总裁班学费相对便宜，费用在4-10万左右，但实用实战的课程也给很多企业管理者提供了不错的学习和交流平台。